Богоявленский монастырь был основан в 15 в. на окраине Костромы учеником и последователем Сергия Радонежского преподобным Никитой Костромским. В монастыре до сих пор хранятся мощи этого почитаемого святого. В начале 17 в. монастырь подвергся нападению одного из отрядов Лжедмитрия. Монастырская братия отказалась присягнуть в верности "тушинскому вору", за это интервенты разорили обитель, а послушников убили. Тринадцать монахов, принявших смерть за своего царя, были возведены Костромской епархией в лик святых.
После восхождения на трон Михаила Федоровича, положившего начало царствованию Романовской династии, жизнь костромских монастырей и храмов стала постепенно налаживаться. В Богоявленском монастыре возводятся первые каменные строения: Иоанно-Богословский и Сретенский храмы, Никольский придел, храм и звонница имени Сергея Радонежского. Роспись монастыря выполнили известные на всю Россию Гурий Никитин и Сила Савин, до этого украшавшие соборы и храмы Москвы, Ростова Великого и Ярославля. К сожалению, пожар 1847 г. уничтожил уникальные фрески и многие здания обители. Монастырь решением Святейшего Синода был упразднен и передан в ведение женского Анастасиина монастыря.
С этого времени начинается новая страница в истории этой старейшей обители. Монастырь начал облагораживаться, обустраиваться. К Богоявленскому собору пристроили новое кирпичное крыло, на территории возвели многочисленные корпуса, в том числе и больничный. Сестры Богоявленско-Анастасиина монастыря оказывали помощь больным и раненным во время русско-турецкой и первой империалистической войны. А в годы русско-японской войны отряд милосердия, сформированный из послушниц, отправился на Дальний Восток.
Главной святыней Богоявленско-Анастасиина монастыря является чудотворная Федоровская икона Божьей Матери, возраст которой составляет 800 лет. Как повествует предание, князь Василий поехал на охоту и увидел на дереве икону. Призванные священнослужители сняли святыню и торжественным крестным ходом доставили ее в город, в собор великомученика Федора Стратилата – небесного покровителя Костромы. С тех пор уникальная икона почитается всеми православными людьми как покровительница домашнего очага, детей и невест, с ней связано множество случаев исцеления.
Этой иконой был благословлен брак Александра Невского и дочери полоцкого царя Прасковьи. С ней Александр Невский ходил в военные походы на Орду. Икона Федоровской Божьей Матери считается святыней рода Романовых, именно ее просила о заступничестве мать юного Михаила, когда он вступал на русский престол. К ней обратились за помощью и власти Москвы во время второй мировой войны. Тогда самолет с иконой Федоровской Божьей Матери облетел вокруг окруженного города, как бы рисуя над ним воздушный крест. Икона имеет особенность: на ее обратной стороне изображена святая мученица Прасковья.
