Монастырь был основан в 11-12 вв. знаменитым святителем Авраамием Ростовским на живописном берегу озера Неро. Раньше на этом месте находилось языческое капище с идолом бога Велеса, которого преподобный Авраамий сокрушил посохом, подаренным ему Иоанном Богословом. Постепенно в обитель, возведенную на месте языческого поклонения, стали приходить верующие, которые впоследствии организовали под руководством Авраамия Ростовского мужской монастырь.
До 16 в. все постройки в монастыре были деревянными, и только после 1553 г. по личному повелению Ивана Грозного на территории монастыря был возведен собор Богоявления Господня, в память о взятии Казани. Собор является ровесником храма Василия Блаженного в Москве, построенного по этому же поводу. Есть предположение, что для строительства Богоявленского собора Иван Грозный посылал в Ростов своего зодчего Андрея Малого. Такое внимание царской персоны к монастырю было не случайно: отправляясь в военный поход на Казань, Иван Грозный взял с собой посох Иоанна крестителя, который должен был служить ему оберегом. Многовековое татарское иго пало, и царь, благодарный обители за чудесную святыню, построил на территории монастыря Богоявленский собор.
Собор получился грандиозным и величавым. Храм состоит из трех приделов, они посвящены Иоанну Богослову, Авраамию Ростовскому и Иоанну Предтече – покровителю Ивана Грозного. Здание собора четырехстолпное, поставлено на высокий подклет и увенчано пятиглавием.
Второе каменное здание монастыря – Введенскую церковь построили в 1650 г. при игуменстве Ионы Сысоевича. Церковь одноглавая с восьмискатным покрытием, являет пример классической постройки. Никольская Надвратная церковь была возведена в 1691 г. на средства бояр Мещериновых. Из-за пожара, который возник в результате удара молнии, церковь пришлось восстанавливать, и она немного утратила свой первоначальный вид.
Раньше на территории монастыря стояла маленькая часовенка, построенная над могилой старца Пимена. Он был известным в городе затворником, умел исцелять людей и всю жизнь ходил в железных веригах, которые еще долго после его смерти хранились в монастыре. Некоторые верующие, приезжающие на богомолье, надевали вериги старца Пимена на себя и обходили часовню трижды, надеясь получить божескую благодать.
Сегодня монастырская территория постепенно восстанавливается, храмы обновляются и возрождаются к жизни. Благодаря реставрационным работам, проведенным Русской Православной Церковью, Богоявленский Авраамиев монастырь возвращает свой прежний исторический облик.
