Черниговский скит, или как его еще называют Пещерное отделение Гефсиманского скита, находится в нескольких километрах от Троице-Сергиевой Лавры, на берегу Скитского пруда. Гефсиманский скит был основан в 1843 г. и уже через год недалеко от него начали селиться монахи, желающие особенно строгого уединения. Годом основания Черниговского скита считается 1847 г., в это время на территории Исаковской рощи обосновывается известный юродивый Филиппушка, живший до этого при Лавре. Филиппушка строит себе подземную келью, похожую на пещеры Киево-Печерской Лавры. Постепенно место Черниговского скита обрастает землянками с подземными ходами, а над ними вырастает церковь Бесплотных Сил – бревенчатая землянка с фигурной кровлей. Появляется достаточно обширное по площади подземное строение семиметровой глубины, с чистыми сухими помещениями, сводчатыми коридорами и расписанными стенами.
В 1852 г. в скитскую церковь была передана икона Черниговской Божьей Матери (она и дала название скиту). По поверью, икона обладала чудесной силой, она могла исцелять людей. В это же время в подземных пещерах селится Василий Меркулов, принявший монашеский постриг под именем Варнава. Слава о его благочестии и мудрости быстро расходится по всей России, и в Черниговский скит начинают приезжать православные паломники, одни за советом, другие помолиться чудодейственной иконе. Говорят, к Варнаве приезжал даже царь Николай II, которому прозорливый монах предсказал мученическую смерть. В конце 19 в. на территории скита начинает вестись активное строительство. Появляется несколько новых построек, в том числе, надпещерная церковь Антония, Феодосия и Василия Парийского.
Центральным местом архитектурной композиции Черниговского скита является Черниговский храм, возведенный в 1889 г. над пещерной церковью, которая к тому времени стала алтарем. Строительство нового надпещерного храма на месте старой деревянной церкви велось несколько лет, в 1897 г. состоялось его освещение. Пятиглавый храм из красного кирпича имеет характерный "годуновский стиль", с богатыми декоративными деталями и совершенными пропорциями. Примерно в это же время был выстроен Южный келейный корпус, ограда и высокая пятиярусная Колокольня. Она имеет с храмом одинаковую "русскую" стилистику и прекрасно вписывается в необыкновенно красивый архитектурный ансамбль Черниговского скита. На территории скита покоятся святые мощи благочестивого Варнавы, который был канонизирован в 1995 г. До сих пор сохранился деревянный дом, в котором преподобный принимал посетителей со всех уголков России.
