Музей истории города Ярославля был создан в 1985 году как филиал Ярославского Историко-архитектурного музея-заповедника. Музей расположился в двухэтажном особняке купца I гильдии Василия Яковлевича Кузнецова, выстроенном в последнем десятилетии 19 века. До музея здание занимали, в основном, различные медицинские учреждения. В 1998 году по инициативе мэра города музей выделен в отдельную структуру и на сегодняшний день является единственным в Ярославле муниципальным музеем.
Главная, основополагающая тема музея – роль Ярославля в истории России и роль человека в истории города. В каждом зале посетителей ждет тематически законченная экспозиция, посвященная определенному периоду жизни Ярославля. В строго хронологическом порядке расположены залы, экспонаты которых повествуют об основании города, различных исторических событиях, об его развитии от Ярослава до наших дней.
Помимо основной экспозиции, музей истории города Ярославля выставляет еще несколько интересных коллекций. Очень познавательная экспозиция истории ярославской медицины, коллекция экслибрисов – книжных знаков, коллекция ювелирных изделий известного российского мастера Н.А. Нужина, выставка графики ярославского художника С.А. Глушкова – это далеко не полный перечень выставок и коллекций музея.
Сотрудниками музея подготовлены и проводятся различные тематические экскурсии, такие как "История Ярославля: Путешествие во времени", "История Ярославля: Путешествие по старому городу", "История Ярославля: "Ярославль в прошлом и настоящем". Помимо этого в музее ведется исследовательская работа, проводятся выездные мероприятия. Так, в 2008 году проект музея "Русская Смута XVII века: от противостояния - к единению" занял первое место на всероссийском фестивале музеев «Интермузей»
Музей имеет два филиала – мемориальный Дом-музей белорусского поэта М. Богдановича и выставочный зал имени М. Нужина.
Дом-музей М. Богдановича в 1995 году получил статус Центра белорусской культуры, его сотрудниками ведется большая научно-исследовательская и просветительная работа. В Ярославле был написан единственный прижизненный сборник поэта.
В выставочном зале имени М. Нужина регулярно проводятся выставки ярославских художников и мастеров ювелирного дела, народных промыслов и декоративно – прикладного искусства.
